由於佛山2號綫廣州南站連接廣州2/7號綫廣州南站的換乘通道尚未開通，目前於兩站間轉乘需要先出閘、出站經地面再進站、入閘。
轉乘方法
廣州2/7號綫廣州南站 往 佛山2號綫廣州南站：跟隨車站指示，於B出口離開廣州2/7號綫廣州南站前往國鐵廣州南站西門，於國鐵廣州南站西門出站後右轉按指示前往佛山2號綫廣州南站R或S入口。
佛山2號綫廣州南站 往 廣州2/7號綫廣州南站：跟隨車站指示，於R/S出口離開佛山2號綫廣州南站前往國鐵廣州南站西門，於國鐵廣州南站西門進站後直行按指示前往廣州2/7號綫廣州南站B入口。