由于佛山2号线广州南站连接广州2/7号线广州南站的换乘通道尚未开通，目前于两站间转乘需要先出闸、出站经地面再进站、入闸。
转乘方法
广州2/7号线广州南站 往 佛山2号线广州南站：跟随车站指示，于B出口离开广州2/7号线广州南站前往国铁广州南站西门，于国铁广州南站西门出站后右转按指示前往佛山2号线广州南站R或S入口。
佛山2号线广州南站 往 广州2/7号线广州南站：跟随车站指示，于R/S出口离开佛山2号线广州南站前往国铁广州南站西门，于国铁广州南站西门进站后直行按指示前往广州2/7号线广州南站B入口。