3号线目前主要有3种行车交路以及少量区间车。其中，机场北－体育西路及番禺广场－天河客运站交路为全日行驶，机场北－番禺广场交路主要于大约上午09时至晚间21时开行。
| 行车交路 (起点、分岔点及终点) | 显示/隐藏乘车指引 |
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| 前往珠江新城~番禺广场间各站的乘客，于贯通车开行时段内可在沿途各站下车原地等候下一趟往番禺广场方向列车，或在体育西路站从右侧车门下车前行几步在3号站台等候往番禺广场方向列车。前往天河客运站~石牌桥间各站的乘客，请在体育西路站从左侧车门下车前行几步，在4号站台等候往天河客运站方向列车 |
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自北段（机场北~林和西间各站）出发：前往天河客运站~石牌桥间各站的乘客，请在体育西路站下车，按出站指示经扶梯前往站厅层后按3号线4号站台往天河客运站方向指示，或通过楼梯经缓冲层按3号线4号站台往天河客运站方向指示，前往4号站台等候往天河客运站方向列车
自南段（珠江新城~番禺广场间各站）出发：前往天河客运站~石牌桥间各站的乘客，可在沿途各站及体育西路站下车原地等候下一趟往天河客运站方向列车 |
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| 前往机场北~林和西间各站，自珠江新城~番禺广场间各站出发的乘客，于贯通车开行时段内可在沿途各站及体育西路站下车原地等候下一趟往机场北方向列车，或在体育西路站下车前行几步在6号站台等候往机场北方向列车；自天河客运站~石牌桥间各站出发的乘客，请在体育西路站下车，前行几步在5号站台等候往机场北方向列车 |
| 上车前请留意站台电视及广播，上车后请留意车门上方闪灯路线图或走字屏显示及车厢广播 |
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